они не предупредили об этом заранее?

предупредили, что будет комиссия. Комиссия для агентства это нормально.
Но комиссию за использование банк.карты встретил впервые.

все-таки если есть банковская карта, лучше покупать билеты на сайте авиакомпании или в проверенном интернет-агентстве.

при отчетах в бухгалтерию гос.структуры были свои заморочки.
Сейчас вроде уже бухгалтера привыкли к электронным билетам и к таким фирмам обращаться нужды больше нет